Alur pelayanan pasien Instalasi Gawat Darurat merupakan alur kemudahan pasien untuk masuk di RSPAU dr. Suhardi Hardjolukito Yogyakarta. Di mana hal ini, bertujuan untuk memberikan kejelasan alur pelayanan kesehatan pada pasien pada umumnya di Instalasi Gawat Darurat. Selain itu, agar pasien dan petugas pelayanan mendapat kemudahan dalam proses memproses pelayanan kesehatan. Di dalamnya pun juga merupakan mutu dari kualitas pelayanan medik yang ada, sehingga dapat sesuai dengan tujuan dan sasaran pelayanan.Terpenting dari semua itu adalah menjamin pelayanan gawat darurat dengan cepat, tepat dan akurat dalam mengupayakan dan menyelamatkan jiwa pasien.
Hal ini berdasarkan program tetap (Protap) dari RSPAU dr. Suhardi Hardjolukito Yogyakarta, Prosedur alur pasien yang masuk ke Instalasi Gawat Darurat yakni pasien terlebih dahulu dilakukan triage. Tujuannya adalah untuk pemilahan menurut jenis kasus kegawat daruratan yang dilakukan oleh SMF (Staf Medis Fungsional) yakni perawat atau dokter jaga, setelah diketahui dari proses triage, untuk kasus pasien non emergency maka pemeriksaannya di ruang non-emergency pula, selanjutnya menjadi kasus rawat jalan dan dapat langsung pulang dengan membawa resep obat. Jika kasus emergency, maka pasien tersebut memerlukan pemeriksaan penunjang yakni Laboratorium atau Radiologi tempat pemeriksaannya dilakukan di Laboratorium yang ada di IGD. Hasil pemeriksaan penunjang diserahkan kembali ke IGD sedangkan untuk pemeriksaan Radiologi, pasien akan didampingi oleh perawat IGD menuju ruang Radiologi. Untuk tindakan kegawatan (Emergency) pelayanan dilakukan sesuai prosedur pelayanan pasien gawat darurat, Apabila pasien memerlukan tindakan pelayanan operatif atau tindakancitomaka pasien langsung dikirim menuju OK.
Untuk pasien yang pulang paksa atau ingin pindah rumah sakit karena rawat inap full maka akan diantar oleh petugas menggunakan mobil ambulance yang juga salah satu fasilitas pelayanan yang ada di IGD. Apabila pasien meninggal, maka pasien tersebut dikirim menuju kamar jenazah untuk dilakukan pemandian jenazah (sesuai keiinginan dari keluarga pasien). Terakhir, keluarga pasien harus menyelesaikan pembayaran di Kasir IGD.